Gambar-gambar, buku-buku dan simbol-simbol sains yang terdapat pada lencana ini. melambangkan keprihatinan guru-guru dan para pelajar sekolah ini dalam menjayakan proses pengajaran dan pembelajaran dalam bidang sains dan teknologi

Warna 'maroon' yang terdapat pada bendera sekolah ini melambangkan keberanian dan kegigihan semangat dan usaha seluruh warga sekolah ini. bagi memajukan Sekolah Menengah Sains Tun Syed Sheh Shahabudin dalam semua lapangan baik bidang akademik mahupun ko-kurikulum.

Lencana sekolah diletakkan di tengah-tengah bendera sekolah ini bagi melambangkan rasa sanjungan, cinta dan sayang seluruh warga Sekolah Menengah Sains Tun Syed Sheh Shahabudin terhadap sekolah ini sebagai satu institusi pendidikan.